Conocer esto es importante porque las comisiones no deben impedir que los afiliados acumulen el mayor fondo posible, pues de este depende el nivel de pensiones futuras. La comisión por flujo se cobra del salario, y la comisión por saldo, del nuevo fondo generado. A esta última debe migrar el SPP peruano luego de pasar por una comisión mixta (salario y fondo). Por esa razón, “la regulación debería asegurar el tipo de comisión que genere mayor riqueza terminal del afiliado, siendo este un tema importante en el SPP”, anotan en el referido estudio sus autores Nelson Ramírez Rondán, investigador del Banco Central de Reserva del Perú, y Luis Chávez-Bedoya, profesor de finanzas de ESAN. 

Con el título “Comparación de comisiones por flujo y por saldo en sistemas de pensiones con cuentas individuales de capitalización”​, Ramírez Rondán y Chávez-Bedoya han publicado una metodología para contrastar en qué casos es más beneficioso un esquema respecto al otro para el SPP peruano. Así, entre otras conclusiones, encontraron que, a mayor aversión al riesgo, la comisión por saldo es preferible a la comisión por flujo. Y, como se sabe, el SPP peruano tiene cuatro fondos según la volatilidad y la rentabilidad obtenida: riesgo mínimo (fondo 0), bajo riesgo (fondo 1), riesgo medio (fondo 2) y alto riesgo (fondo 3). La discusión está abierta para el Perú y los países de Latinoamérica que evalúan modificar sus esquemas de cobro de comisiones.